После рождения животный организм вступает в контакт с различными микроорганизмами, которые проникают через дыхательные и пищеварительные пути и заселяют желудочно-кишечный тракт, половые и другие органы. Постоянными обитателями тела животных являются микроорганизмы, одни из которых составляют облигатную микрофлору, другие находятся в организме временно, попадая из почвы, воздуха, с водой и кормом.
Микрофлора кожи. Постоянные обитатели кожи — стафилококки, стрептококки, сарцины, актиномицеты, микрококки, вызывающие нагноительные процессы: фурункулы, гнойники, флегмоны и др.
Из палочковидных форм обнаруживают кишечную, синегнойную, псевдодифтерийную. Также на кожу попадают микробы из группы аэробов и анаэробов. Количество микробов на коже зависит от условий содержания животных: при плохом уходе на 1 см поверхности кожи может находиться до 1—2 млрд микробных тел.
Микрофлора вымени. Микрофлору вымени составляют преимущественно микрококки (М. luteus, M. flavus, M. candidus, М. caseolyticus), стафилококки, стрептококки, коринебактерии, в частности Corynebacterium bovis. Внешняя кожа вымени из-за наличия грубых и мелких складок — место скопления практически всех микробов, которые обитают в животноводческих помещениях, на пастбищах, в подстилке, кормах, на руках доярки и других объектах внешней среды. При недостаточно тщательной уборке и дезинфекции помещения обычно обнаруживается более 10 микробов на 1 см кожи вымени, в результате чего вымя может стать одним из главных источников заражения выдоенного молока.
Из патогенных микробов на коже вымени часто встречаются возбудители маститов (Str. agalactiae, Str. uberis,,Staph. aurcus) и колимаститов (Escherichia coli, Klebsiella aerogenes, Corynebacterium pyogencs, Вас. subtilis, Pseudomonas aerugynosa и др.). Особое значение имеет Str. agalactiae, который вызывает 70—80 % всех бактериальных маститов.
Микрофлора конъюнктивы. На конъюнктиве находят сравнительно небольшое количество микробов. Как правило, это стафилококки, стрептококки, сардины, реже встречаются микоплазмы, микрококки, актиномицеты, дрожжевые и плесневые грибы.
Микрофлора дыхательных путей. У новорожденных животных в дыхательных путях микроорганизмов нет. При дыхании на слизистые оболочки верхних дыхательных путей оседают из воздуха различные бактерии, актиномицеты, плесневые и дрожжевые грибы, микоплазмы и др. Постоянными обитателями слизистых оболочек носоглотки, зева в основном являются кокковые формы бактерий — стрептококки, стафилококки, микрококки.
Микрофлора пищеварительного канала. Она наиболее обильна. У новорожденных животных желудочно-кишечный тракт не содержит микробов. Через несколько часов организм животного заселяется микрофлорой, которая в процессе жизни может видоизменяться, но в основном остается стабильной до конца жизни животного. Микрофлору пищеварительного канала принято делить на факультативную, которая может меняться в зависимости от корма, условий содержания и эксплуатации, и облигатную, т. с. постоянную, приспособившуюся к условиям среды желудочно-кишечного тракта. К постоянной микрофлоре относятся молочнокислые стрептококки (Sir. lactis), молочнокислые палочки (Bad. acidophilum), кишечная палочка (Е. coli).
Микрофлора полости рта. Она наиболее обильна и разнообразна. В ротовой полости обнаружено более 100 видов микроорганизмов. К постоянным обитателям ротовой полости относятся диплококки, стафилококки, сардины, микрококки, дифтероиды, анаэробы и аэробы, целлюлозоразрушаюшие бактерии, спирохеты, грибы, дрожжи и др.
Разнообразие микроорганизмов зависит от вида животных, типа кормов и способов их применения. Например, при кормлении молоком превалируют молочнокислые микробы и микрофлора молока. При кормлении грубыми кормами травоядных животных количество микробов в ротовой полости невелико, при даче им сочных кормов оно возрастает в 10 раз.
Микрофлора желудка. Она относительно бедна как по количественному, так и по качественному составу. Объясняется это бактерицидным действием кислого желудочного сока. В содержимом желудка выживают споровые типа Вас. subtilis, кислотоустойчивые микобактерии (М. bovis, M. avium), а также некоторые представители сарцины (Sarcina ve;ntriculi), молочнокислые бактерии, актиномицеты, энтерококки и др.
При понижении кислотности, а также при заболевании желудка в его содержимом находят богатую микрофлору гнилостных бактерий, дрожжей, грибов, плесеней и других микроорганизмов.
В желудке свиньи главные представители микрофлоры — молочнокислые бактерии, различные кокки, сбраживающие углеводы, актиномицеты, дрожжи, спорообразующис аэробы; обнаруживаются Cl. perfringens. Микрофлора желудка лошади более многочисленна и разнообразна: ближе к привратнику она бедна, в преддверии желудка микробы концентрируются в большом количестве; на дне желудка много молочнокислых бактерий, нет гнилостных.
Микрофлора рубца жвачных более богата. Здесь много гнилостных бактерий, возбудителей различных брожений. С кормом в рубец попадает огромное количество разнообразных видов эпифитной и почвенной микрофлоры. Содержатся они преимущественно в вегетативной форме, число их от 1 тыс. до 10 млн микробных тел, а по некоторым данным, до нескольких десятков миллиардов в 1 мл содержимого рубца.
В рубце жвачных происходят сложные микробиологические и биохимические процессы, связанные с расщеплением питательных веществ. Особый интерес представляют целлюлозоразрушающие микробы: Ruminococcus flavcfaciens, R. albus, Bact. succinogenes, Cl. cellobioparum, Cl. cellolyticum и др. Эти микроорганизмы переваривают клетчатку с помощью фермента целлюлозы до глюкозы, которая легко усваивается организмом животных. Пектиновые вещества расщепляют Вас. macerans, Вас. asterosporus, Amylobacter, Granulobacter pectinovorum. Стрептококки (Str. bovis, Str. faecalis и др.) сбраживают крахмал, глюкозу с образованием молочной кислоты. Пропионово-кислые бактерии (Propionipcctinovorum, VeilloneUa, Peptosfreptococcus elsdenii, Butyri bacterium, E. coli и др.) сбраживают лактаты с образованием пропионовой кислоты, частично масляной и уксуснокислой, продуцируют витамины группы В. Микробы, заселяющие рубец, расщепляют белки, нитраты, мочевину синтезируют все витамины, за исключением А, Е, D.
Микрофлора тонкого кишечника. Она наиболее бедна. В двенадцатиперстной и тощей кишках ослабляется деятельность целлюлозных микроорганизмов. Здесь чаще всего обитают устойчивые к желчи энтерококки, ацидофильные, споровые микробы (Вас. retiformis, Cl. perfringens), актиномицеты, Е. coli и др. Количественный и качественный состав микрофлоры тонких кишок зависит от вида животных и характера их кормления.
Микрофлора толстых кишок. Она наиболее богата. Постоянные обитатели — энтерококки, стафилококки, стрептококки, целлюлозные бактерии, актиномицеты, ацидофилы, термофилы, споровые формы, дрожжи, плесени, гнилостные бактерии. Обилие микроорганизмов в толстых кишках объясняется наличием в них больших объемов переваренной пищи. Установлено, что треть сухого вещества фекальных масс человека состоит из микробов. Микробиологические процессы в толстых кишках не приостанавливаются, ряд продуктов деятельности микробов усваивается макроорганизмом. У разных видов животных, в том числе птиц, пчел, микрофлора толстых кишок представлена разнообразными ассоциациями микробов, которая может быть как постоянной, так и непостоянной.
У здоровых животных наряду с нормальной микрофлорой в ряде случаев обнаруживают патогенные микроорганизмы — возбудители столбняка, инфекционного аборта кобыл, сибирской язвы, рожи свиней, пастсреллеза, сальмонеллеза, анаэробных и других инфекций.
Микрофлора мочеполовых органов. На слизистой оболочке половых органов обнаруживают стафилококки, стрептококки, микрококки, дифтероиды, кислотоустойчивые микобактерии (Мус. smegmae) и др. Основной обитатель слизистой оболочки влагалища — Bact. vaginale vulgare, обладающая резко выраженным антагонизмом к другим микроорганизмам. При физиологическом состоянии мочеполовых путей микрофлора обнаруживается только в их наружных частях.
Матка, яичники, семенники, мочевой пузырь в физиологическом состоянии стерильны. При заболеваниях мочеполовых органов (метриты, эндометриты) микрофлора влагалища изменяется.
Таким образом, поверхность тела животных, их открытые и закрытые полости постоянно содержат разнообразную микрофлору, в основном безвредную, но иногда и патогенную. При нормальных условиях в организме поддерживается определенный полезный микробиоценоз. При снижении резистентности макроорганизма условно-патогенные микроорганизмы, быстро развиваясь, вызывают заболевания (пневмонии, энтериты и др.).